Hədəf Olimpiada Mərkəzinin əsas məqsədi istedadlı şagirdlərin aşkar edilməsi, fənlərin dərindən öyrənilməsinə marağın artırılması, yüksək potensiallı şagirdlərin bilik və bacarıqlarını nümayiş etdirmələrinə şəraitin yaradılması, beynəlxalq fənn olimpiadalarında iştirak edəcək namizədlərin müəyyən edilməsidir. Eyni zamanda mərkəz bir çox beynəlxalq olimpiadalar üzrə akkreditasiya olunub. Mərkəzdə bu olimpiadalar üzrə əlavə hazırlıqlar təşkil edilir və şagirdlərin bu olimpiadalarda iştirak etməsi üçün bütün imkanlar yaradılır.Hədəf Olimpiada Mərkəzinin təşkilatçılığı ilə Respublika Fənn Olimpiadaları, fənn müsabiqələri və beynəlxalq olimpiadalara hazırlıqlar təşkil olunur. Hazırlıqlar Azərbaycan, rus və ingilis bölmələri üzrə II-IX siniflərdə Azərbaycan dili, ədəbiyyat, riyaziyyat, fizika, kimya, tarix, coğrafiya, biologiya və informatika istiqamətində aparılır.